Клеточная модель для анализа роли IRBIT в регуляции IP3-рецептора I типа

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

В геномах позвоночных три гена кодируют субъединицы IP3-рецепторов, включая IP3R1, IP3R2 и IP3R3. Хотя их первичные аминокислотные последовательности высоко гомологичны, гомотетрамерные IP3 рецепторы, формируемые IP3R1, IP3R2 и IP3R3 в мембране эндоплазматического ретикулума, заметно различаются по своим функциональным свойствам и регуляторным механизмам. В частности, активность IP3R1 специфически регулируется белком IRBIT (IP3R binding protein released with IP3), который является конкурентом IP3 за связывание с IP3R1. В свою очередь, аффинность связывания IRBIT с IP3R1 регулируется фосфорилированием. С использованием технологии CRISPR/Cas9 для редактирования генома клеток линии HEK-293, в настоящей работе были получены две моноклональные клеточные линии для анализа роли IRBIT и ассоциированных регуляторных механизмов в контроле активности IP3R1. В одной линии (HEK-IP3R1) были инактивированы гены IP3R2 и IP3R3, но оставлен функциональным IP3R1. На основе этой линии была получена линия HEK-IP3R1/DIRBIT, в клетках которой был инактивирован ген IRBIT (AHCYL1). С использованием микрофотометрии и Ca2+-зонда Fluo-4 проведен сравнительный анализ агонист-индуцированной Са2+-сигнализации в клетках этих линий на примере ацетилхолина (ACh). В частности, показано, что клетки обеих линий отвечают на ACh в широком диапазоне концентраций по принципу «все или ничего», и, что клетки HEK-IP3R1/DIRBIT менее чувствительны к этому агонисту по сравнению с клетками HEK-IP3R1.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Е. Е. Копылова

Институт биофизики клетки РАН, ФИЦ ПНЦБИ РАН

Email: irina.masulis@gmail.com
Россия, 142290, Пущино, Московская обл.

И. С. Масулис

Институт биофизики клетки РАН, ФИЦ ПНЦБИ РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: irina.masulis@gmail.com
Россия, 142290, Пущино, Московская обл.

О. А. Рогачевская

Институт биофизики клетки РАН, ФИЦ ПНЦБИ РАН

Email: irina.masulis@gmail.com
Россия, 142290, Пущино, Московская обл.

Е. Н. Кочкина

Институт биофизики клетки РАН, ФИЦ ПНЦБИ РАН

Email: irina.masulis@gmail.com
Россия, 142290, Пущино, Московская обл.

Ю. А. Ковалицкая

Институт биофизики клетки РАН, ФИЦ ПНЦБИ РАН

Email: irina.masulis@gmail.com
Россия, 142290, Пущино, Московская обл.

М. Ф. Быстрова

Институт биофизики клетки РАН, ФИЦ ПНЦБИ РАН

Email: irina.masulis@gmail.com
Россия, 142290, Пущино, Московская обл.

С. С. Колесников

Институт биофизики клетки РАН, ФИЦ ПНЦБИ РАН

Email: irina.masulis@gmail.com
Россия, 142290, Пущино, Московская обл.

Список литературы

  1. Clapham D. 2007. Calcium signaling. Cell. 131, 1047–1058.
  2. Berridge M.J. 2016. The inositol trisphosphate/calcium signaling pathway in health and disease. Physiol. Rev. 96, 1261–1296.
  3. Lemmon M.A., Schlessinger J. 2010. Cell signaling by receptor tyrosine kinases. Cell. 141, 1117–1134.
  4. Mak D.O., Foskett J.K. 2015. Inositol 1,4,5-trisphosphate receptors in the endoplasmic reticulum: A single-channel point of view. Cell Calcium. 58, 67–78.
  5. Mikoshiba, K. 2015. Role of IP3 receptor signaling in cell functions and diseases. Adv. Biol. Regul. 57, 217–227.
  6. Prole D.L., Taylor C.W. 2019. Structure and function of IP3 Receptors. Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 11, a035063.
  7. Ando H., Mizutani A., Matsuura T., Mikoshiba K. 2003 IRBIT, a novel inositol 1,4,5-trisphosphate (IP3) receptor-binding protein, is released from the IP3 receptor upon IP3binding to the receptor. J. Biol. Chem. 278, 10602–10612.
  8. Foskett J.K., White C., Cheung K.-H., Mak D.O. 2007. Inositol trisphosphate receptor Ca2+ release channels. Physiol Rev. 87, 593–658.
  9. Hamada K., Mikoshiba K. 2020. IP3 receptor plasticity underlying diverse functions. Annu. Rev. Physiol. 82, 151–176.
  10. Lock J.T., Alzayady K.J., Yule D.I., Parker I. 2018. All three IP3 receptor isoforms generate Ca2+ puffs that display similar characteristics. Sci. Signal. 11, eaau0344.
  11. Копылова Е.Е, Воронова Е.А., Кабанова Н.В., Рогачевская О.А., Быстрова М.Ф., Колесников С.С. 2023. Клеточные линии с единственной функциональной изоформой IP3 рецептора. Биол. мембраны. 40, 43–54.
  12. Chiang T.W., le Sage C., Larrieu D., Demir M., Jackson S.P. 2016. CRISPR-Cas9(D10A) nickase-based genotypic and phenotypic screening to enhance genome editing. Sci. Rep. 6, 24356.
  13. Ломов Н.А., Вьюшков В.С., Петренко А.П., Сыркина М.С., Рубцов М.А. 2019. Методы оценки эффективности работы систем CRISPR/Cas при геномном редактировании. Мол. Биология. 53, 982–997.
  14. Спасская Д.С., Давлетшин А.И., Тютяева В.В., Кулагин К.А., Гарбуз Д.Г., Карпов Д.С. 2022. Создание тест-системы для оценки активности мутантных вариантов SpCas9 в дрожжах Saccharomyces cerevisiae. Мол. биология. 56, 937–948.
  15. Быстрова М.Ф., Рогачевская О.А., Кочкина Е.Н., Коваленко Н.П., Колесников С.С. 2020. IP3 рецептор второго типа является доминантной изоформой в клетках HEK-293. Биол. мембраны. 37, 434–441.
  16. Jiang F., Doudna J.A. 2017. CRISPR–Cas9 structures and mechanisms. Annu. Rev. Biophys. 46, 505–529.
  17. Parys, J.B., Vervliet T. 2020. New insights in the IP3 receptor and its regulation. Adv. Exp. Med. Biol. 1131, 243–270.
  18. Wagner L.E. II, Yule D.I. 2012. Differential regulation of the InsP3 receptor type-1 and –2 single channel properties by InsP3, Ca2+ and ATP. J. Physiol. 590, 3245–3259.
  19. Taylor C.W. 2017. Regulation of IP3 receptors by cyclic AMP. Cell Calcium. 63, 48–52.
  20. Kaplin A.I., Snyder S.H., Linden D.J. 1996. Reduced nicotinamide adenine dinucleotide-selective stimulation of inositol 1,4,5-trisphosphate receptors mediates hypoxic mobilization of calcium. J. Neurosci. 16, 2002–2011.
  21. Vanderheyden V., Devogelaere B., Missiaen L., De Smedt H., Bultynck G., Parys J.B. 2009. Regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate receptor-induced Ca2+ release by reversible phosphorylation and dephosphorylation. Biochim. Biophys. Acta. 1793, 959–970.
  22. Taylor C.W., Laude A.J. 2002. IP3 receptors and their regulation by calmodulin and cytosolic Ca2+. Cell Calcium. 32, 321–334.
  23. Schlossmann, J., Ammendola, A., Ashman, K., Zong, X., Huber, A., Neubauer, G., Wang, G. X., Allescher,H.D., Korth, M., Wilm, M., Hofmann F., Ruth P. 2000. Regulation of intracellular calcium by a signalling complex of IRAG, IP3 receptor and cGMP kinase. Nature. 404, 197–201.
  24. Ando H., Mizutani A., Kiefer H., Tsuzurugi D., Michikawa T., Mikoshiba K. 2006. IRBIT suppresses IP3 receptor activity by competing with IP3 for the common binding site on the IP3 receptor. Mol. Cell. 22, 795–806.
  25. Devogelaere B., Nadif Kasri N., Derua R., Waelkens E., Callewaert G., Missiaen L., Parys J.B., De Smedt H. 2006. Binding of IRBIT to the IP3 receptor: Determinants and functional effects. Biochem. Biophys. Res. Commun. 343, 49–56.
  26. Shirakabe K., Priori G., Yamada H., Ando H., Horita S., Fujita T., Fujimoto I., Mizutani A., Seki G., Mikoshiba K. 2006. IRBIT, an inositol 1,4,5-trisphosphate receptor-binding protein, specifically binds to and activates pancreas-type Na+/HCO3–cotransporter 1 (pNBC1). Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 103, 9542–9547.
  27. Ando H., Hirose M., Gainche L., Kawaai K., Bonneau B., Ijuin T., Itoh T., Takenawa T., Mikoshiba K. 2015. IRBIT interacts with the catalytic core of phosphatidylinositol phosphate kinase type Iα and IIα through conserved catalytic aspartate residues. PLoS One. 10, e0141569.
  28. Kawaai K., Mizutani A., Shoji H., Ogawa N., Ebisui E., Kuroda Y., Wakana S., Miyakawa T., Hisatsune C., Mikoshiba K. 2015. IRBIT regulates CaMKII alpha activity and contributes to catecholamine homeostasis through tyrosine hydroxylase phosphorylation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 112, 5515–5520.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
2. Таблица 2. Нуклеотидные последовательности участков целевых генов клеточной линии HEK-IP3R1/ΔIRBIT после редактирования

Скачать (498KB)
3. Рис. 1. Локализация протоспейсеров (отмечены синим) и PAM-мотивов (отмечены красным) на смысловой и антисмысловой цепях ДНК 2-го экзона гена IRBIT человека (NC_000001.11) для действия никазы Cas9–10A.

Скачать (69KB)
4. Рис. 2. а — Последовательность дикого типа локуса редактирования гена IRBIT. б — Направленная мутация донорной матрицы (одиночная нуклеотидная замена C/T и ∆C), приводящая к исчезновению антисмыслового PAM и возникновению в ssDNA-доноре размером 645 п. н. сайта XhoI CTCGAG.

Скачать (34KB)
5. Рис. 3. а — Схема синтеза двухцепочечной матрицы с мутациями. б — Электрофорез амплифицированных мегапраймеров AB (дорожка 1) и CD (дорожка 2). в –Электрофорез синтезированных двухцепочечной dsDNA (640 п. н.) с точечной мутацией (AD) и одноцепочечной матрицы донорной ssDNA того же нуклеотидного состава (отличается от двухцепочечной по скорости миграции и интенсивности окраски бромистым этидием).

Скачать (58KB)
6. Рис. 4. Рестрикционный анализ участка локуса IRBIT (645 п. н.), амплифицированного c геномной ДНК, выделенной из клеток, трансфицированных компонентами системы CRISPR/Cas9–10A-ssDNA-донор через 72 ч после трансфекции.

Скачать (20KB)
7. Рис. 5. а — Локализация протоспейсеров (подчеркнуты) на смысловой и антисмысловой нитях ДНК 2-го экзона гена IRBIT человека (NC_000001.11) и схема их расположения. б — Схема раундов амплификаций для проверки полученных мутаций в редактируемой области. в — Электрофорез восьми репрезентативных моноклонов, полученных после трансфекции.

Скачать (86KB)
8. Рис. 6. Ca2+-ответы клеток на ACh. а — Репрезентативнный мониторинг внутриклеточного Са2+ в клетках HEK-IP3R1 (верхняя панель) (n = 366) и HEK-IP3R1/ΔIRBIT (нижняя панель) (n = 255), загруженных Fluo-4. Моменты и продолжительность аппликаций ACh в указанных дозах обозначены горизонтальными линиями выше экспериментальных кривых. Изменение внутриклеточного Са2+ оценивали по относительному изменению флуоресценцию Fluo-4 F/F0, где F=F–F0, F — текущая интенсивность флуоресценции, F0 — средняя интенсивность флуоресценции в начальный момент регистрации. б –Количество клеток в каждой из линий, генерирующих Са2+-ответы на ACh при различных дозах агониста.

Скачать (275KB)

© Российская академия наук, 2024