<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE root>
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/" article-type="research-article" dtd-version="1.2" xml:lang="en"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">Russian Journal of Genetics</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="en">Russian Journal of Genetics</journal-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Генетика</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn publication-format="print">0016-6758</issn><issn publication-format="electronic">3034-5103</issn><publisher><publisher-name xml:lang="en">The Russian Academy of Sciences</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="publisher-id">676590</article-id><article-id pub-id-type="doi">10.31857/S0016675824120012</article-id><article-id pub-id-type="edn">wawxif</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="toc-heading"><subject>ОБЗОРНЫЕ И ТЕОРЕТИЧЕСКИЕ СТАТЬИ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="article-type"><subject>Research Article</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title xml:lang="en">Markers Nomenclature and Type I and II Errors Control in Cattle Parentage Exclusion Expertise with Microsatellite Markers</article-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Номенклатура маркеров и контроль ошибок первого и второго рода при проведении генетических экспертиз достоверности происхождения крупного рогатого скота с использованием фрагментного анализа</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Modorov</surname><given-names>M. V.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Модоров</surname><given-names>М. В.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><email>mmodorov@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Tkachenko</surname><given-names>I. V.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Ткаченко</surname><given-names>И. В.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><email>mmodorov@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Kleshcheva</surname><given-names>A. A.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Клещева</surname><given-names>А. А.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><email>mmodorov@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Sevost'yanov</surname><given-names>M. Yu.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Севостьянов</surname><given-names>М. Ю.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><email>mmodorov@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff1"><aff><institution xml:lang="en">Ural Federal Agrarian Scientific Research Center, Ural Branch, Russian Academy of Sciences</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">Уральский федеральный аграрный научно-исследовательский центр Уральского отделения Российской академии наук</institution></aff></aff-alternatives><pub-date date-type="pub" iso-8601-date="2024-12-15" publication-format="electronic"><day>15</day><month>12</month><year>2024</year></pub-date><volume>60</volume><issue>12</issue><fpage>3</fpage><lpage>15</lpage><history><date date-type="received" iso-8601-date="2025-03-03"><day>03</day><month>03</month><year>2025</year></date></history><permissions><copyright-statement xml:lang="en">Copyright ©; 2024, Russian Academy of Sciences</copyright-statement><copyright-statement xml:lang="ru">Copyright ©; 2024, Российская академия наук</copyright-statement><copyright-year>2024</copyright-year><copyright-holder xml:lang="en">Russian Academy of Sciences</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="ru">Российская академия наук</copyright-holder></permissions><self-uri xlink:href="https://transsyst.ru/0016-6758/article/view/676590">https://transsyst.ru/0016-6758/article/view/676590</self-uri><abstract xml:lang="en"><p>Erroneous pedigree records reduce the quality of breeding work with cattle; therefore, parentage exclusion expertise has become an integral part of breeding work. For many years on the territory of the Russian Federation, the expertise was carried out using immunogenetic markers, but the improvement of technologies and tightening of regulatory requirements has led to the process of replacement of immunogenetics by microsatellite markers. At present there is no domestic protocol clearly regulating the procedure of cattle parentage exclusion expertise using microsatellite loci, which makes laboratory work more difficult. In particular, the requirements for the number and nomenclature of genetic markers which are used in the genetic expertise are only available for cattle, embryos and semen products being transported across the Eurasian Economic Union. There are no regulations for errors I (false positives) and II (false negatives) types control, which must be taken into account when forming expert judgements. In this paper we will review the approaches to addressing these issues proposed by the International Society for Animal Genetics (ISAG), the International Committee for Animal Recording (ICAR), the Collegium of the Eurasian Economic Commission, as well as domestic regulatory documents governing the production of forensic medical tests related to parentage exclusion expertise. Based on the results of the review, a nomenclature of microsatellite markers and a parentage exclusion protocol will be proposed, in which errors I and II type control are carried out. Special attention will be paid to the description of the sources of II type error and the necessity of its control.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="ru"><p>Ошибочные записи родословных снижают качество племенной работы с крупным рогатым скотом, поэтому проведение генетических экспертиз достоверности происхождения стало неотъемлемой частью племенной работы. В течение многих лет на территории Российской Федерации экспертизы проводили с использованием иммуногенетических маркеров, однако совершенствование технологий и ужесточение требований регулятора привело к тому, что в последние годы на смену иммуногенетике приходят микросателлитные маркеры. В настоящее время отечественный протокол, четко регламентирующий процедуру проведения генетической экспертизы достоверности происхождения крупного рогатого скота с использованием микросателлитных локусов, отсутствует, что затрудняет работу испытательных лабораторий. В частности, требования к числу и номенклатуре генетических маркеров, которые должны быть использованы при проведении экспертиз, имеются только для скота, эмбрионов и спермопродукции, перемещаемых между государствами-членами Евразийского экономического союза. Отсутствуют требования к контролю ошибок первого (ложноположительные результаты) и второго (ложноотрицательные результаты) рода, учет которых необходим при формировании заключений экспертизы. В настоящей работе мы рассмотрим подходы к решению этих вопросов, предложенные Международным обществом генетики животных (ISAG), Международным комитетом регистрации животных (ICAR), Коллегией Евразийской экономической комиссии, а также отечественными нормативными документами, регламентирующими производство судебно-медицинских экспертиз, связанных с установлением родительства. По результатам обзора будут предложены номенклатура микросателлитных маркеров и протокол экспертизы, в который заложен контроль ошибок первого и второго рода. Особое внимание будет уделено описанию источников ошибок второго рода и необходимости их контроля при выдаче заключений.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="en"><kwd>Bos taururs</kwd><kwd>microsatellites</kwd><kwd>selection</kwd><kwd>ISAG</kwd><kwd>STR</kwd><kwd>parentage exclusion</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>Bos taururs</kwd><kwd>микросателлиты</kwd><kwd>селекция</kwd><kwd>ISAG</kwd><kwd>STR</kwd><kwd>индексы исключения родителей</kwd></kwd-group><funding-group><award-group><funding-source><institution-wrap><institution xml:lang="ru">Правительство РФ, госзадание</institution></institution-wrap><institution-wrap><institution xml:lang="en">State Law Government of the Russian Federation</institution></institution-wrap></funding-source><award-id>0532-2023-0006</award-id></award-group></funding-group></article-meta></front><body></body><back><ref-list><ref id="B1"><label>1.</label><mixed-citation>Методические рекомендации по исследованию и использованию групп крови в селекции крупного рогатого скота. Дубровицы.: Отдел научно-техн. информации, 1974. 40 с.</mixed-citation></ref><ref id="B2"><label>2.</label><mixed-citation>Лазарева Ф.Ф., Сухова Л.Г. Использование групп крови для подтверждения достоверности происхождения крупного рогатого скота // Тр. УралНИИСХОЗА. 1983. Т. 35. С. 8–14.</mixed-citation></ref><ref id="B3"><label>3.</label><mixed-citation>ISAG/FAO. Secondary Guidelines for Development of National Farm Animal Genetic Resources Management Plans. Measurement of Domestic Animal Diversity (MoDAD): Recommended Microsatellite Markers. FAO. Italy, Rome: 2004.</mixed-citation></ref><ref id="B4"><label>4.</label><mixed-citation>FAO. Molecular Genetic Characterization of Animal Genetic Resources. FAO. Italy, Rome: 2011.</mixed-citation></ref><ref id="B5"><label>5.</label><mixed-citation>ISAG Conference 2006. Cattle Molecular Markers and Parentage Testing Workshop. [Электронный ресурс] URL: https://www.isag.us/Docs/ISAG2006_CMMPT.pdf (дата обращения: 02.04.2024).</mixed-citation></ref><ref id="B6"><label>6.</label><mixed-citation>ISAG Conference 2008. Cattle Molecular Markers and Parentage Testing Workshop. [Электронный ресурс] URL: https://www.isag.us/Docs/ISAG2008_CattleParentage.pdf (дата обращения: 02.04.2024).</mixed-citation></ref><ref id="B7"><label>7.</label><mixed-citation>ISAG 2021. Cattle Molecular Markers and Parentage Testing. [Электронный ресурс] URL: https://www.isag.us/Docs/Workshop_report_CMMPT_2021.pdf (дата обращения: 02.04.2024).</mixed-citation></ref><ref id="B8"><label>8.</label><mixed-citation>ICAR guidelines. Section 4 – DNA technology. Version: February 2022. [Электронный ресурс] URL: https://www.icar.org/Guidelines/04-DNA-Technology.pdf (дата обращения 02.04.2024).</mixed-citation></ref><ref id="B9"><label>9.</label><mixed-citation>Решение Коллегии Евразийской экономической комиссии от 2 июня 2020 г. № 74 “Об утверждении Положения о проведении молекулярной генетической экспертизы племенной продукции государств – членов Евразийского экономического союза” [Электронный ресурс] URL: https://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/74125607 (дата обращения 02.04.2024).</mixed-citation></ref><ref id="B10"><label>10.</label><mixed-citation>Приказ Министерства сельского хозяйства Российской Федерации от 02.06.2022 № 336 “Об утверждении требований к видам племенных хозяйств” [Электронный ресурс] URL: http://publication.pravo.gov.ru/Document/View/0001202208300022 (дата обращения 02.04.2024).</mixed-citation></ref><ref id="B11"><label>11.</label><mixed-citation>Приказ Министерства здравоохранения и социального развития РФ от 12 мая 2010 г. № 346н “Об утверждении Порядка организации и производства судебно-медицинских экспертиз в государственных судебно-экспертных учреждениях Российской Федерации” [Электронный ресурс] URL: https://base.garant.ru/12177987/ (дата обращения 02.04.2024).</mixed-citation></ref><ref id="B12"><label>12.</label><mixed-citation>Приказ Министерства здравоохранения Российской Федерации от 25.09.2023 № 491н “Об утверждении Порядка проведения судебно-медицинской экспертизы” [Электронный ресурс] URL: http://publication.pravo.gov.ru/docu-ment/0001202310250009 (дата обращения 02.04.2024).</mixed-citation></ref><ref id="B13"><label>13.</label><mixed-citation>Методические указания Минздрава РФ № 98/253 от 19.01.1999 года “Использование индивидуализирующих систем на основе полиморфизма длины амплифицированных фрагментов (ПДАФ) ДНК в судебно-медицинской экспертизе идентификации личности и установления родства” [Электронный ресурс] URL: https://docs.cntd.ru/document/556354310 (дата обращения 02.04.2024).</mixed-citation></ref><ref id="B14"><label>14.</label><mixed-citation>Животовский Л.А. Критические замечания на “Методические указания” П.Л. Иванова “Использование индивидуализирующих систем на основе полиморфизма длины амплифицированных фрагментов (ПДАФ) ДНК в судебно-медицинской экспертизе идентификации личности и установления родства” // Сиб. мед. журн.”. 2001. № 2. С. 85–86.</mixed-citation></ref><ref id="B15"><label>15.</label><mixed-citation>Пименов М.Г., Культин А.Ю., Кондрашов С.А. Научные и практические аспекты криминалистического ДНК-анализа: Учебное пособие. М.: ГУ ЭКЦ МВД России, 2001. 144 с.</mixed-citation></ref><ref id="B16"><label>16.</label><mixed-citation>ISAG. Exclusion probability in parentage tests [Электронный ресурс] URL: https://www.isag.us/Docs/consignmentforms/Exclusion_probability.pdf (дата обращения 02.04.2024).</mixed-citation></ref><ref id="B17"><label>17.</label><mixed-citation>Jamieson A., Taylor St.C.S. Comparisons of three probability formulae for parentage exclusion // Animal Genetics. 1997. V. 28. P. 397–400. doi: 10.1111/j.1365-2052.1997.00186.x</mixed-citation></ref><ref id="B18"><label>18.</label><mixed-citation>Хедрик Ф. Генетика популяций. М.: Техносфера, 2003. 592 с. (Hedrick P.W. Genetics of population. Jones and Barlet Publ., Inc., 1999.)</mixed-citation></ref><ref id="B19"><label>19.</label><mixed-citation>Peakall R., Smouse P.E. GENALEX 6: Genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research // Mol. Ecol. Notes. 2006. V. 6. № 1. P. 288–295. https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2005.01155.x</mixed-citation></ref><ref id="B20"><label>20.</label><mixed-citation>Модоров М.В., Ткаченко И.В., Грин А.А. и др. Генетическая структура популяции голштинизированного черно-пестрого скота на территории Урала // Генетика. 2021. Т. 57. № 4. С. 437–444. https://doi.org/10.1134/S1022795421040104</mixed-citation></ref><ref id="B21"><label>21.</label><mixed-citation>Van de Goor L.H.P., Koskinen M.T., van Haeringen W.A. Population studies of 16 bovine STR loci for forensic purposes // Int. J. Legal Med. 2011. V. 125. P. 111–119. doi: 10.1007/s00414-009-0353-8</mixed-citation></ref><ref id="B22"><label>22.</label><mixed-citation>Steely C.J., Scot Watkins W., Baird L., Jorde L.B. The mutational dynamics of short tandem repeats in large, multigenerational families // Genome Biology. 2022. V. 23. Article number: 253. https://doi.org/10.1186/s13059-022-02818-4</mixed-citation></ref><ref id="B23"><label>23.</label><mixed-citation>COrDIS Cattle. Набор реагентов для мультиплексного анализа 15-ти микросателлитных маркеров крупного рогатого скота [Электронный ресурс] URL: https://gordiz.ru/wp-content/uploads/2023/12/instrukcziya-cordis-cattle-231205.pdf (дата обращения 02.04.2024).</mixed-citation></ref><ref id="B24"><label>24.</label><mixed-citation>Набор “Gene Profile Cattle” для генетической паспортизации и определения родства крупного рогатого скота [Электронный ресурс] URL: https://www.syntol.ru/catalog/reagenty-dlya-geneticheskikh-analizatorov/geneprofile-cattle.html (дата обращения 02.04.2024).</mixed-citation></ref><ref id="B25"><label>25.</label><mixed-citation>Kozubska-Sobocińska A., Smołucha G., Danielak-Czech B. Early diagnostics of freemartinism in Polish Holstein-Friesian female calves // Animals. 2019. V. 9. № 11. Article number: 971. doi: 10.3390/ani9110971</mixed-citation></ref><ref id="B26"><label>26.</label><mixed-citation>Модоров М.В., Файрушина К.Р., Клещева А.А. и др. Воспроизводство племенного голштинизированного черно-пестрого скота в Свердловской области // Достижения науки и техники АПК. 2022. Т. 36. № 8. С. 67–71. doi: 10.53859/02352451_2022_36_8_67</mixed-citation></ref></ref-list></back></article>
