Russian Journal of GeneticsRussian Journal of GeneticsГенетика0016-67583034-5103The Russian Academy of Sciences66724010.31857/S0016675824070124BGHYZAКРАТКИЕ СООБЩЕНИЯКРАТКИЕ СООБЩЕНИЯShort CommunicationSequencing and annotation of the chloroplast genome of Triticum timonovum Heslot et FerraryСеквенирование и аннотация хлоропластного генома Triticum timonovum Heslot et FerraryKuluevА. R.КулуевА. Р.
Russian Federation
kuluev@bk.ruMatniyazovR. T.МатниязовР. Т.
Russian Federation
kuluev@bk.ruKuluevB. R.КулуевБ. Р.
Russian Federation
kuluev@bk.ruPrivalovL. Yu.ПриваловЛ. Ю.
Russian Federation
kuluev@bk.ruChemerisA. V.ЧемерисА. В.
Russian Federation
kuluev@bk.ruInstitute of Biochemistry and Genetics - Subdivision of the Ufa Federal Research Centre of the Russian Academy of SciencesИнститут биохимии и генетики – обособленное структурное подразделение Федерального государственного бюджетного научного учреждения Уфимского федерального исследовательского центра Российской академии наук1507202460711812226022025Copyright ©; 2024, Russian Academy of SciencesCopyright ©; 2024, Российская академия наук2024Russian Academy of SciencesРоссийская академия наукhttps://transsyst.ru/0016-6758/article/view/667240

The chloroplast genome of the synthetic octaploid Triticum timonovum Heslot et Ferrary k-43065 (France) was sequenced for the first time. Plastome sequencing was carried out on a Genolab M sequencer (GeneMind, China). The genome assembly was carried out using the NOVOwrap program. The size of the chloroplast genome of T. timonovum was 136158 bp. Meanwhile, the length of the inverted repeat region was 21552 bp, the SSC region was 12795 bp. and LSC – 80257 bp. The chloroplast genomes of T. timonovum and different T. timopheevii accessions from the GenBank database were compared. As for the chloroplast genome, T. timonovum was closer to T. timopheevii (AB976560.1), but differed from it by the presence of one insert A at position 47891.

Впервые был секвенирован хлоропластный геном синтетической октаплоидной пшеницы Triticum timonovum Heslot et Ferrary (линия к-43065, Франция). Секвенирование пластома T. timonovum проводилось на секвенаторе Genolab M (GeneMind, Китай). Сборка кольца хлоропластного генома осуществлялась с помощью программы NOVOwrap. Размер хлоропластного генома T. timonovum составил 136158 пн. Длина области инвертированных повторов составила 21552 пн, области SSC – 12795 пн и области LSC – 80257 пн. Были сравнены хлоропластные геномы T. timonovum и различных линий T. timopheevii из GenBank. Хлоропластный геном T. timonovum линии к-43065 оказался наиболее близок к пластому T. timopheevii с номером доступа AB976560.1 и отличался от него лишь наличием одной вставки А в позиции 47891.

wheatoctaploidsynthetic speciesTriticum timopheeviichloroplast genomeпшеницаоктаплоидсинтетические видыTriticum timopheeviiТ. timonovumхлоропластный геномРоссийский научный фондRussian Science Foundation23-24-00275Heslot H., Raymond R. Obtention experimentale d’un autotetraploide aberrant (Triticum timonovum) a partir de Triticum timopheevi Zhuk. // Compt. Rend. Hebd. Séances Acad. Sci. 1959. V. 248. P. 452–455.Мурашёв В.В., Морозова З.А. Сравнительный морфогенез Triticum timopheevii (Zhyk.) и синтезированного октоплоидного вида T. timonovum Heslot еt Ferrary // Вест. Моск. у-та. Серия 16. 2008. T. 63. № 3. C. 127–133.Badaeva E.D., Badaev N.S., Filatenko A.A. et al. Cytological investigation of cereal, hexa- and octoploid species containing G genome // Genetika (Mos.). 1990. V. 26. № 4. P. 708–716.Badaeva E.D., Filatenko A.A., Badaev N.S. Cytogenetic investigation of Triticum timopheevii (Zhuk.) Zhuk. and related species using the C-banding technique // Theor. Appl. Genet. 1994. V. 89. P. 622–628.Shi C., Hu N., Huang H. et al. An improved chloroplast DNA extraction procedure for whole plastid genome sequencing // PLoS One. 2012. V. 7. № 2. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0031468Bolger A.M., Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: A flexible trimmer for Illumina sequence data // Bioinformatics. 2014. V. 30. P. 2114–2120. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170Wu P., Xu C., Chen H. et al. NOVOWrap: An automated solution for plastid genome assembly and structure standardization // Mol. Ecol. Resour. 2021. V. 21. № 6. P. 2177–2186. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13410Shi L., Chen H., Jiang M. et al. CPGAVAS2, an integrated plastome sequence annotator and analyzer // Nucl. Ac. Res. 2019. V. 47. P. W65–W73. https://doi.org/10.1093/nar/gkz345Zheng S., Poczai P., Hyvönen J. et al. Chloroplot: An online program for the versatile plotting of organelle genomes // Front Genet. 2020. V. 11. https://doi.org/10.3389/fgene.2020.576124Katoh K., Standley D.M. MAFFT multiple sequence alignment software version 7: Improvements in performance and usability // Mol. Biol. Evol. 2013. V. 30. № 4. P. 772–780. https://doi.org/10.1093/molbev/mst010Han M.V., Zmasek C.M. phyloXML: XML for evolutionary biology and comparative genomics // BMC Bioinformatics. 2009. V. 10. P. 1–6. https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-356Mori N., Kondo Y., Ishii T. et al. Genetic diversity and origin of timopheevi wheat inferred by chloroplast DNA fingerprinting // Bred. Sci. 2009. V. 59. P. 571–578. https://doi.org/10.1270/jsbbs.59.571Gogniashvili M., Naskidashvili P., Bedoshvili D. et al. Complete chloroplast DNA sequences of Zanduri wheat (Triticum spp.) // Genet. Resour. Crop. Evol. 2015. V. 62. P. 1269–1277. https://doi.org/10.1007/s10722-015-0230-x