A number of facultative-anaerobic lipophilic microorganisms, including representatives of Corynebacterium and Staphylococcaceae, inhabit the necrotic contents of tuberculomas. A strain of Staphylococcus epidermidis was isolated from caseum, fully genome sequenced, and gene-mapped. The coagulase-negative Staphylococcus belonged to the MLST 73 genotype and was resistant to two antituberculosis drugs. The strain phenotypically had urease, gelatinase and beta-hemolytic activities and possessed the corresponding genes. Similar to S. epidermidis O47, its genome consists of a single chromosome containing approximately 2.4 million base pairs, and oriC has the same orientation. A total of 2333 genes were identified, of which 2206 were coding genes. In contigs of the genome, sequences of plasmid replication genes were found: rep7a, rep13, rep5b and pSK1. Phylogenetic analysis indicates the closeness of the analyzed genome with a large group of European strains. Considering the biochemical and microbiological properties of the isolated strain, we hypothesize that staphylococci and other facultative-anaerobic satellite microorganisms of tuberculosis foci may play an important role in caseum liquefaction due to their own proteolytic activity and attraction of neutrophils to the focus of inflammation.
Ряд факультативно-анаэробных липофильных микроорганизмов, включая представителей Corynebacterium и Staphylococcaceae, обитают в некротическом содержимом туберкулем. Проведено выделение из казеума штамма Staphylococcus epidermidis, его полногеномное секвенирование и картирование генов. Выявили, что коагулазонегативный стафилококк относится к генотипу MLST 73 и устойчив к двум противотуберкулезным препаратам. Фенотипически штамм обладает уреазной, желатиназной и бета-гемолитической активностью и имеет соответствующие гены. Как и у S. epidermidis O47, его геном состоит из одной хромосомы, содержащей около 2.4 млн пар нуклеотидов, а oriC имеет такую же ориентацию. Всего было идентифицировано 2333 гена, из которых 2206 были кодирующими. В контигах изученного генома обнаружены последовательности генов репликации плазмид: rep7a, rep13, rep5b и pSK1. Филогенетический анализ указывает на близость анализируемого генома с большой группой европейских штаммов. Учитывая биохимические и микробиологические свойства выделенного штамма, мы предполагаем, что стафилококки и другие факультативно-анаэробные микроорганизмы-сателлиты туберкулезных очагов могут играть важную роль в разжижении казеозного некроза за счет собственной протеолитической активности и привлечения нейтрофилов к очагу воспаления.