Russian Journal of GeneticsRussian Journal of GeneticsГенетика0016-67583034-5103The Russian Academy of Sciences66705310.31857/S0016675823110164QYBTDEГЕНЕТИКА ЧЕЛОВЕКАDistribution Peculiarities of Y-Chromosome Haplogroups in the Population of St. Petersburg in Connection with the Problem of Creation Reference Data BasesОсобенности распространения гаплогрупп Y-хромосомы в населении Санкт-Петербурга в связи с проблемой создания референтных баз данныхUdinaI. G.УдинаИ. Г.irina_udina@mail.ruGrachevaA. S.ГрачеваА. С.irina_udina@mail.ruBorinskayaS. A.БоринскаяС. А.irina_udina@mail.ruKurbatovaO. L.КурбатоваО. Л.irina_udina@mail.ruVavilov Institute of General Genetics, Russian Academy of SciencesИнститут общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наукNegovsky Research Institute of General Reanimatology, Federal Research and Clinical Center of Intensive Care Medicine and RehabilitologyНаучно-исследовательский институт общей реаниматологии имени В.А. Неговского Федерального научно-клинического центра реаниматологии и реабилитологии0111202359111319132526022025Copyright ©; 2023, И.Г. Удина, А.С. Грачева, С.А. Боринская, О.Л. КурбатоваCopyright ©; 2023, И.Г. Удина, А.С. Грачева, С.А. Боринская, О.Л. Курбатова2023И.Г. Удина, А.С. Грачева, С.А. Боринская, О.Л. КурбатоваИ.Г. Удина, А.С. Грачева, С.А. Боринская, О.Л. Курбатоваhttps://transsyst.ru/0016-6758/article/view/667053

In the sample of male residents of St. Petersburg, Y-chromosome haplogroups were determined by genotyping 18 STR Y-chromosome (DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS19, DYS385A, DYS385B, DYS456, DYS437, DYS438, DYS447, DYS448, DYS449, DYS391, DYS392, DYS393, DYS439, DYS635 and DYS576) and data on genetic demography were collected by means of a questionnaire. The distribution of Y-chromosome haplogroups in St. Petersburg residents generally corresponds to the published data on Russian gene pool, with the most frequent haplogroups R1a, R1b, E1b1b1, N, T, I1, I2, J1 and J2, and with the predominance of haplogroup R1a. The presence of “southern by origin” haplogroups (C3, G2a, G2c, J1, J2, L, O2, O3, Q, R2 and T) entering the megalopolis with a flow of migrants, with a total frequency of 16% (in Moscow – 18.1%) was noted. A comparative analysis of the frequency distributions of Y-chromosome haplogroups in residents of St. Petersburg and Moscow revealed statistically significant differences in the frequency of haplogroup E1b1b1, and differences in the ratio of I1 and I2, determined by geographic position. Based on the survey data, a sample of Russian men who had no ancestors of another ethnicity in the male line in the two previous generations was formed. Significant differences in the frequency of “southern-origin” haplogroups were established between the initial sample of residents of St. Petersburg (16%) and the sample of men with Russian ancestors in two previous generations (4.1%). The obtained result confirms the spectrum of haplogroups of “southern origin” as penetrating into the gene pool of the population of a megalopolis with migrant flows and indicates the need for genetic and demographic questionnaires when forming reference databases for a megalopolis, as well as for their timely updating due to changes in the gene pool under the influence of migration.

В выборке из мужского населения Санкт-Петербурга определены гаплогруппы Y-хромосомы с помощью генотипирования по 18 STR (DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS19, DYS385A, DYS385B, DYS456, DYS437, DYS438, DYS447, DYS448, DYS449, DYS391, DYS392, DYS393, DYS439, DYS635 и DYS576) и собраны генетико-демографические данные путем анкетирования. Распределение гаплогрупп Y-хромосомы у жителей Санкт-Петербурга в целом соответствует русскому генофонду, с наиболее распространенными гаплогруппами R1a, R1b, E1b1b1, N, T, I1, I2, J1 и J2 и с превалированием гаплогруппы R1a. Отмечено присутствие “южных по происхождению” гаплогрупп (С3, G2a, G2c, J1, J2, L, O2, O3, Q, R2 и T), попадающих в мегаполис с потоком мигрантов, с частотой 16% (в Москве – 18%). Сравнительный анализ распределений частот гаплогрупп Y-хромосомы у жителей Санкт-Петербурга и Москвы выявил статистически значимые различия по частоте гаплогруппы E1b1b1, а также различия по соотношению гаплогрупп I1 и I2, обусловленные географическим положением мегаполисов. Установлены достоверные различия по частоте “южных по происхождению” гаплогрупп между исходной выборкой жителей Санкт-Петербурга (16%) и сформированной на основе данных анкетирования выборкой мужчин, не имевших предков другой этнической принадлежности по мужской линии в двух предшествующих поколениях (4%). Полученный результат подтверждает, что спектр “южных по происхождению” гаплогрупп проникает в генофонд населения мегаполиса с потоками мигрантов и свидетельствует о необходимости генетико-демографического анкетирования при формировании референтных баз данных для мегаполиса, а также для их своевременного обновления, обусловленного изменениями в генофонде под действием миграции.

St. PetersburgMoscowpopulationgene poolmegalopolisY-chromosome haplogroupsmigrationreference databases.Санкт-ПетербургМоскванаселение, мегаполисмиграциягенофондгаплогруппы Y-хромосомыреферентные базы данных.Юсупов Ю.М., Балановская Е.В., Сабитов Ж.М., Балановский О.П. Комплексные исследования этногенеза: союз геногеографии и этнографии // Вестник антропологии. 2017. Т. 38. № 2. С. 28–35.Hammer M.F., Chamberlain V.F., Kearney V.F. et al. Population structure of Y chromosome SNP haplogroups in the United States and forensic implications for constructing Y chromosome STR databases // Forensic Sci. Int. 2006. V. 1. № 164(1). P. 45–55. https://doi.org/10.1016/j.forsciint.2005.11.013Grugni V., Battaglia V., Hooshiar Kashani B. et al. Ancient migratory events in the Middle East: new clues from the Y chromosome variation of modern Iranians // PLoS One. 2012. V. 7(7). https://doi.org/10.1371/journal.pone.0041252Caputo M., Sala A., Corach D. Demand for larger Y‑STR reference databases in ethnic melting-pot countries: Argentina as a test case // Int. J. Legal Med. 2019. V. 133 № 5. P. 1309–1320. https://doi.org/10.1007/s00414-019-02012-5Курбатова О.Л., Победоносцева Е.Ю., Веремейчик В.М. и др. Особенности генетико-демографических процессов в населении трех мегаполисов в связи с проблемой создания генетических баз данных // Генетика. 2013. Т. 49. № 4. С. 513–522. https://doi.org/10.7868/S0016675813040085Цыбовский И.С., Веремейчик В.М., Котова С.А. и др. Создание судебной референтной базы данных по 18 аутосомным STR для ДНК-идентификации в Республике Беларусь // Генетика. 2017. Т. 53. № 2. С. 249–258. https://doi.org/10.7868/S0016675817020138Курбатова О.Л., Янковский Н.К. Миграция – основной фактор популяционной динамики городского населения России // Генетика. 2016. Т. 52. № 7. С. 831–851. https://doi.org/10.7868/S0016675816070067de Knijff P. On the forensic use of Y chromosome polymorphisms // Genes (Basel). 2022. V. 17. № 13(5). https://doi.org/10.3390/genes13050898Курбатова О.Л., Удина И.Г., Грачева А.С. и др. Генетико-демографические параметры населения г. Санкт-Петербурга. Миграционные процессы // Генетика. 2019. Т. 55. № 9. С. 1071–1082. https://doi.org/10.1134/S001667581909008XКурбатова О.Л., Грачева А.С., Победоносцева Е.Ю., Удина И.Г. Генетико-демографические параметры населения г. Москвы. Миграционные процессы // Генетика. 2021. Т. 56. № 12. С. 438–1449. https://doi.org/31857/S0016675821120080Понарин Э.Д., Алмакаева А.М., Немировская А.В., Ильченко Н.А. Обзор российских регионов ЛССИ. Москва: ВШЭ, 2012. 121 с. // Свидетельство о регистрации базы данных 2021620200, 02.02.2021. Заявка № 2020622484 от 02.12.2020.Гуреев А.С., Ананьева Е.Д., Рубанович А.В. и др. Ассоциация UVNTR-аллелей гена MAOA с субъективной оценкой благополучия у мужчин // Генетика. 2018. Т. 54. № 5. С. 556–562. https://doi.org/10.7868/S0016675818050065Inglehart R.F., Borinskaya S., Cotter A. et al. Genetic factors, cultural predispositions, happiness and gender equality // J. of Res. in Gender Studies. 2014. V. 4(1). P. 32–100.Whit Athey’s Haplogroup Predictor. [Электронный ресурс]. Режим доступа: http://www.hprg.com/hapest6/ hapest6G2a/hapest6.htm?order=origУдина И.Г., Грачева А.С., Курбатова О.Л. Частоты гаплогрупп Y-хромосомы и процессы миграции в трех поколениях жителей Москвы // Генетика. 2022. Т. 58. № 11. С. 1325–1333. https://doi.org/10.31857/S001667582110121Балановская Е.В., Балановский О.П. Русский генофонд на Русской равнине. М.: Луч, 2007. 416 с.Ближневосточные гаплогруппы J1, J2, E1b1b1, G2a, T и др. Описание и связь с археологическими культурами. [Электронный ресурс]. Режим доступа: http://haplogroup.narod.ru/eur_hap2.htmlКарта географического распространения гаплогрупп Y-хромосомы на территории Евразии. [Электронный ресурс]. Режим доступа: https://pp.vk.me/ bu05HtNeinmUcGTLgwGE0Asv1Z0Xa-wlcEtYHg/nI-BfaaxxKUQ.jpgГаплогруппы коренных древних европейцев, гаплогруппа I, I1 и I2 у народов Европы. [Электронный ресурс]. Режим доступа: http://haplogroup.narod.ru/ineurope.htmlКурбатова О.Л., Победоносцева Е.Ю., Удина И.Г., Грачева А.С. МЕГАПОЛИС–ДНК–1Р. Свидетельство о регистрации базы данных 2021620596, 29.03.2021. Заявка № 2021620445 от 19.03.2021.Курбатова О.Л., Победоносцева Е.Ю., Удина И.Г. и др. МЕГАПОЛИС-ДНК-2Р // Свидетельство о регистрации базы данных 2021620610, 30.03.2021. Заявка № 2021620452 от 19.03.2021.