Russian Journal of GeneticsRussian Journal of GeneticsГенетика0016-67583034-5103The Russian Academy of Sciences66691110.31857/S0016675823010113CNJWFHГЕНЕТИКА ЖИВОТНЫХStudy of Population Genetic Structure of Atlantic Chub Mackerel Scomber colias Gmelin, 1789 (Scombridae) in the Central-East AtlanticИзучение популяционно-генетической структуры африканской скумбрии Scomber colias Gmelin, 1789 (Scombridae) в Центрально-Восточной АтлантикеStroganovA. N.СтрогановА. Н.andrei_str@mail.ruNikitenkoA. I.НикитенкоА. И.andrei_str@mail.ruRakitskayaT. A.РакицкаяТ. А.andrei_str@mail.ruBelyaevV. A.БеляевВ. А.andrei_str@mail.ruMoscow State University, Department of IchthyologyМосковский государственный университет им. М.В. Ломоносова, кафедра ихтиологииBranch for Freshwater Fisheries of the All-Russian Research Institute of Fisheries and Oceanography (VNIRO)Филиал по пресноводному рыбному хозяйству Всероссийского научно-исследовательского института рыбного хозяйства и океанографии (ВНИРО)Vavilov Institute of General Genetics, Russian Academy of Sciences Russian Academy of SciencesИнститут общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наукAll-Russian Research Institute of Fisheries and Oceanography (VNIRO)Всероссийский научно-исследовательский институт рыбного хозяйства и океанографии (ВНИРО)01012023591808826022025Copyright ©; 2023, А.Н. Строганов, А.И. Никитенко, Т.А. Ракицкая, В.А. БеляевCopyright ©; 2023, А.Н. Строганов, А.И. Никитенко, Т.А. Ракицкая, В.А. Беляев2023А.Н. Строганов, А.И. Никитенко, Т.А. Ракицкая, В.А. БеляевА.Н. Строганов, А.И. Никитенко, Т.А. Ракицкая, В.А. Беляевhttps://transsyst.ru/0016-6758/article/view/666911

A study of genetic diversity in groups of Atlantic Сhub mackerel from the waters of the Central-East Atlantic was carried out on the basis of seven microsatellite loci. All loci were polymorphic, the estimates of expected heterozygosity varied from 0.021 to 0.914. For all studied samples of Atlantic Сhub mackerel, a heterozygosity deficiency was identified, associated with the presence of null alleles in four of the seven studied microsatellite loci. A low but significant value of genetic differentiation was obtained, calculated for all loci (θ = 0.0052), which, presumably, may also be associated with the violation of panmixia due to the formation of individual subpopulations as a result of the uneven impact of fishing in different localities.

Проведено исследование генетического разнообразия в группировках африканской скумбрии из акваторий Центрально-Восточной Атлантики на основании семи микросателлитных локусов. Все локусы были полиморфны, оценки ожидаемой гетерозиготности варьировали от 0.021 до 0.914. Для всех исследовавшихся выборок выявлен дефицит гетерозиготности, связанный с присутствием нуль-аллелей в четырех из семи исследовавшихся микросателлитных локусов. Получено низкое, но достоверное значение генетической дифференциации, рассчитанное по всем локусам (θ = 0.0052), что предположительно, в том числе, может быть связано с нарушением панмиксии за счет формирования отдельных субпопуляций в результате неравномерного воздействия промысла в различных локальностях.

Atlantic Сhub MackerelCentral-East Atlanticmicrosatellitesgenetic polymorphism.африканская скумбрияЦентрально-Восточная Атлантикамикросателлитыгенетический полиморфизм.Парин Н.В., Евсеенко С.А., Васильева Е.Д. Рыбы морей России: аннотированный каталог. М.: Тов-во науч. изданий КМК, 2014. 733 с.Muniz A.A., Moura A., Triay-Portella R. et al. Population structure of the chub mackerel (Scomber colias) in the North-east Atlantic inferred from otolith shape and body morphometrics // Marine and Freshwater Res. 2020. V. 72. № 3. P. 341–352. https://doi.org/10.1071/MF19389Allaya H., Hattour A., Hajjej G., Trabelsi M. Biologic characteristics of Scomber japonicus (Houttuyn, 1782) in Tunisian waters (central Mediterranean Sea) // African J. Biotechnol. 2013. V. 12. P. 3040–3048. https://doi.org/10.5897/AJB12.2723Allaya H., Ben Faleh A., Rebaya M. et al. Identification of Atlantic chub mackerel Scomber colias population through the analysis of body shape in Tunisian waters // Cah. Biol. Mar. 2016. V. 57. P. 195–207.Scoles D.R., Collette B.C., Graves J.E. Global phylogeography of mackerels of the genus Scomber // Fisheries Bulletin. 1998. V. 96. P. 823–842.Catanese G., Manchado M., Infante C. Evolutionary relatedness of mackerels of the genus Scomber based on complete mitochondrial genomes: Strong support to the recognition of Atlantic Scomber colias and Pacific Scomber japonicus as distinct species // Gene. 2010. V. 452. P. 35–43. https://doi.org/10.1016/j.gene.2009.12.004Zardoya R., Castilho R., Grande C. et al. Differential population structuring of two closely related fish species, the mackerel (Scomber scombrus) and the chub mackerel (Scomber japonicus), in the Mediterranean Sea // Mol. Ecol. 2004. V. 13. P. 1785–1798.Rodríguez-Ezpeleta N., Bradbury I.R., Mendibil I. et al. Population structure of Atlantic mackerel inferred from RAD-seq-derived SNP markers: Effects of sequence clustering parameters and hierarchical SNP selection // Mol. Ecol. Resources. 2016. V. 16. I. 4. P. 991–1001. https://doi.org/10.1111/1755-0998.12518Zeng L., Cheng Q. Thirty novel microsatellite markers for the coastal pelagic fish, Scomber japonicus (Scombridae) // J. Genet. 2012. V. 91. P. e64–e68.Маниатис Т., Фрич Э., Cэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. М.: Мир, 1984. 480 с.Weir B.S. Genetic Data Analysis II. Methods for Discrete Population Genetic Data. Massachusets: Sinauer Ass. Sunderland, 1996. 445 p.Lewis P.O., Zaykin D. Genetic Data Analysis: Computer program for the analysis of allelic data. Version 1.0 (d 16c). 2001. Free program distributed by the authors over the internet from. http://lewis.eeb.unconn.edu/lewishome/software.htmlNei M. Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals // Genetics. 1978. V. 89(3). P. 583–590.Ивантер Э.В., Коросов А.В. Введение в количественную биологию. Петрозаводск: Петр. ГУ, 2003. 304 с.Rice W.R. Analyzing tables of statistical tests // Evolution. 1989. V. 43. P. 223–225.Rousset F. Genepop 007: A complete reimplementation of the genepop software for Windows and Linux // Mol. Ecol. Res. 2008. V. 8. P. 103–106. https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2007.01931.xPiry S., Luikart G., Conuet J.M. Bottleneck: A computer program for detecting recent reduction in the effective population size using allele frequency data // J. Hered. 1999. V. 90. P. 502–503.Van Oosterhout C., Hutchinson W.F., Wills D.P.M., Shipley P. MICROCHECKER: Software for identifying and correcting genotyping errors in microsatellite data // Mol. Ecol. Notes. 2004. V. 4. P. 535–538.Chapuis M.P., Estoup A. Microsatellite null alleles and estimation of population differentiation // Mol. Biol. Evol. 2007. V. 24. P. 621–631. https://doi.org/10.1093/molbev/msl191Кордичева С.Ю., Рубцова Г.А., Шитова М.В. и др. Выявление нуль-аллелей в микросателлитном локусе кеты (Onсorhynсhus keta Walbaum) // Генетика. 2010. Т. 46. № 8. С. 1143–1147.Смирнова М.А., Орлова С.Ю., Калчугин П.В. и др. Особенности популяционной структуры тихоокеанской трески Gadus macrocephalus южной части ареала на основе микросателлитного анализа // Генетика. 2018. Т. 54. № 6. С. 661–670.Савенков В.В., Шпигальская Н.Ю., Варкентин А.И. и др. Дифференциация минтая (Theragra chalcogramma) Охотского моря по микросателлитным локусам // Исследов. водных биол. ресурсов Камчатки и северо-западной части Тихого океана. 2018. Вып. 48. С. 5–18.Семенова А.В., Строганов А.Н., Афанасьев К.И. и др. Микросателлитная изменчивость тихоокеанской сельди Clupea pallasii Valenciennes 1847 Охотского и Берингова морей // Генетика. 2018. Т. 54. № 3. С. 349–360.Семенова А.В., Строганов А.Н., Бугаев А.В. и др. Анализ изменчивости микросателлитных локусов в популяциях азиатской зубастой корюшки Osmerus dentex Восточной и Западной Камчатки // Генетика. 2019. Т. 55. № 1. С. 70–80. https://doi.org/10.1134/S0016675819010041Zhan A., Hu J., Hu X. et al. Construction of microsatellite-based linkage maps and identification of size-related quantitative trait loci for Zhikong scallop (Chlamys farreri) // Animal Genet. 2009. № 40. P. 821–831. https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2009.01920.xШубина Е.А., Пономарева Е.В., Глубоков А.И. Популяционно-генетический анализ минтая Theragra chalcogramma (Teleostei, Gadidae) из Беренгового и Охотского морей // Мол. биология. 2009. Т. 43. № 5. С. 918–930. https://doi.org/10.1134/S0026898409050164Кордичева С.Ю. Нуль-аллели в микросателлитных локусах кеты (Oncorhynchus keta Walbaum). Дис. … канд. биол. наук. М.: ИОГен РАН. 2011. 120 с.Ellegren H. Microsatellites: Simple sequences with complex evolution // Nature Rev. Genet. 2004. V. 5. P. 435–445.Тетерина В.И., Суханова Л.В., Кирильчик С.В. Полиморфизм микросателлитной ДНК эндемичного рода рыб оз. Байкал – голомянок (Comephorus lacepede, 1801) // Экол. генетика. 2007. Т. 5. № 2. С. 50–57.Collette B.B., Nauen C.E. FAO Species Catalogue. Scombrids of the World. An Annotated and Illustrated Catalogue of Tunas, Mackerels, Bonitos and Related Species Known to Date. FAO Fish. Synop. № 125. Italy, Rome: FAO, 1983. V. 2. 137 p.Collette B.B. Family Scombridae Rafinesque 1815 – Mackerels, Tunas, and Bonitos. Calif. Acad. Sci. Annotated Check lists of Fishes. № 19. USA, San Francisco: California Acad. of Sci., 2003. 28 p.Галинская Т.В., Щепетов Д.М., Лысенков С.Н. Предубеждения о микросателлитных исследованиях и как им противостоять // Генетика. 2019. Т. 55. № 6. С. 617–632. https://doi.org/10.1134/S0016675819060043Толстова Ю.Н. Основы многомерного шкалирования: учебное пособие. М.: КДУ, 2006. 157 с.Хрусталева А.М., Кловач Н.В. О морфологической и генетической гетерогенности нерки Oncorhynchus nerka (Salmonidae) крупных озерно-речных систем Восточной и Западной Камчатки // Вопр. ихтиологии. 2019. Т. 59. № 6. С. 640–650. https://doi.org/10.1134/S0042875219060055Животовский Л.А. Популяционная биометрия. М.: Наука, 1991. 276 с.Кузнецов В.М. F-статистики Райта: оценка и интерпретация // Пробл. биол. продуктивных животных. 2014. Т. 4. С. 80–104.Slatkin M. Gene flow in natural populations // Ann. Rev. Ecol. Syst. 1985. V. 16. P. 393–430.Строганов А.Н., Орлов А.М., Семенова А.В., Орлова С.Ю. Формирование популяционной структуры атлантической трески Gadus morhua Linnaeus, 1758 в четвертичном периоде // Биология моря. 2019. Т. 45. № 1. С. 17–24. https://doi.org/10.1134/S0134347519010091Алтухов Ю.П. Генетические процессы в популяциях. М.: Наука, 1989. 328 с.Алтухов Ю.П. Динамика генофондов при антропогенных воздействиях // Вестник ВОГиС. 2004. Т. 8. № 2. С. 40–59.